mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACAGTATAGATGATGTACT GATATCATCATATACTGTAAG GGGCCTTGGCTGGGATATCATCATATACTGTAAGTTTGTGATGAGACACTACAGTATAGATGATGTACTAGTCTGGGTACCCC 1 1 3' arm Rattus_norvegicus mirbase mir-144 6e-36 mml-mir-144 9e-35 -36.8 ((((((.((((((.((((((((.(((((((((.((((......))))..))))))))))))))))).)))))).)))..))). (-36.80)