mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGACCTTGGGGTCGAGTGATG TCTACTCGACCTCGGGGTTGAG AGTGATTGTCAGGTGATGGGATGAAGACACGCGACCTTGGGGTCGAGTGATGTGGTGAAGTAGTGATGTCCTCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGATCTGTTGAGATCTTGAAGCTTCTACTCGACCTCGGGGTTGAGTGGTTTGACATGATCCGTCCCGCTTCTT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTAGATGAATACTGAATACTGAATAGATAAAGAGAAATCCAGATTACAAAAGGTCTAGAACACAAGGTCTGCGGAATAAAACTAGATAAAAACTTGTCTGCGAAAATGTGAAGTACATGATACTTATAGCCAAATGTTCCGAAACCCTAATACTTAAAACAACGCAGTATTGGGACGGATTAAGAACTGTACTCGACCCATGTGGTCGAGTGGGTGGTCGAGTGAATAGCTGGAGTCTTTTTTTCTTCCTTGTGCTCGAGTGTCTGGTTGAGTGCGGAATGAAAAAGGCTCTGAAGCTTGTCATCGAGTATGCAGTCGAGTGATACTCGACTTCCAGGTAGAGTGAAGAGGTCGAGTAGTGTTCTGGCAATGAAGGTGAAGACACTCGGTCTCGGGGTCGAGTGGTGTGATCGAGTGATTGTCAGGTGATGGGATGAAGACACGCGACCTTGGGGTCGAGTGATGTGGTGAAGTAGTGATGTCCTCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGATCTGTTGAGATCTTGAAGCTTCTACTCGACCTCGGGGTTGAGTGGTTTGACATGATCCGTCCCGCTTCTTCCAGATAGCTCGTCAACAGCTCCAAATCACCTA 1 1 5' arm Arabidopsis_thaliana mirnest MIR854 0.0006 100 -58.2 ..(((...)))((.(((((((((.((((((.(((((((((((((((((((.((..(((.((..(((((.....(((((((((....)))))))))...)))))..)).)))..)).)).))))))))))))))))).)).))))..)))..))))))))....... (-58.2)