mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC GATGATGCTTGGCTCGAGA TCTCTGAGCCAAAAGTTCAGGTGGATGATGCTTGGCTCGAGACCATTAAATATGATCATTGTGATGTTGATGATGATGATGATAATGATAATGATAGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAACTTACACGTTTTGC GATGGCCGTTTAGTTTCTCTAACTTCTCTCTAATCTTCTTTTCTCTCTCTGAGCCAAAAGTTCAGGTGGATGATGCTTGGCTCGAGACCATTAAATATGATCATTGTGATGTTGATGATGATGATGATAATGATAATGATAGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAACTTACACGTTTTGCGTTTTAGCACCAAGCGTTAACTTGATAACCTAAATCTCCGATCATATTTCATCAGCTTGAAGATCGGAAATATACGAACTGGACAGAGATCTTGTTGATAATTTAAATTTTATTATAGATAATTCAAAACTACAATGTTAATTTAGTTTGTATTATAGTTTAATTTATATTATGAACTAATGTTTTGGTCGCTGATTGTAGGAAGAAATGATATCGAAGTTAATGAAAGCTTTAACTG 3 0 3' arm Brassica_rapa mirnest mir-166 6e-19 bna-MIR166c 1e-25 -35.2 ............(((((.(((.((((((.((((((.((((...(((((..(((.((((((((.((.......)).)))))))).))).)))))....)))).)))))).)))))).))).)))))........... (-35.2)