mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATATAACCAAAGCCCGACTGT AGTCAGGCTGCTGGTTATATTCCA AGAGACCTGATCAGTCAGGCTGCTGGTTATATTCCAGGACTTCTCTGGTCCTGGATATAACCAAAGCCCGACTGTTAAATAAAAGTAAGAATGTGTCT 3 2 3' arm Rattus_norvegicus mirbase mir-344 3e-38 rno-mir-344b-1 8e-51 -40.85 ..(((((....(((((.((((..(((((((((.((((((((.....))))))))))))))))).)))).)))))..................).)))) (-40.85)