mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCGGGGTCGAGTGATGTGG TCTACTCGACCAGGGGGTC GATGGTCAGGTGATGGGATGAAAACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGATGTGGTGAAGTAGTGATGTCCTCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGATCTGTTCTGATCTAAAAGCTCC TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAGAAACTAAATACTGAATAGATAAAGAAAAATCCATATTACAAAAGGTCTAAAACACAAGGTCTGCGGAATAAAACTAAATAAAAACTTGTCTGCAAAAATGTGAAGTACATGCTACTTATAGCCAAATATTCCGAAATCCTAATACTTAAACCGACGAAGTATTGGGACGGATTAAAAACTGTACTTGACCCACGTGGTCGAGTGGGAGGTCGAGTGAATAGCTGGAGTCTTCTTTTCTTCCTTGTGCTCGAGTGTCTGGTTGAGTGCGGGATGACAAAAACTCTGAAGCTTGCCATCGAGTATGTAGTCGAGTGGTGGTGATGGAAATACTCGACTTCAAGGTAAAGTGGCGAGATCGAGTTGTGGTCTGGCAATGAAGGTGAAAACACTCGACCTCGGAGTCGAGTGATGTGATCGAGTGATGGTCAGGTGATGGGATGAAAACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGATGTGGTGAAGTAGTGATGTCCTCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGATCTGTTCTGATCTAAAAGCTCCTACTCGACCTCGAGTTCGA 4 2 5' arm Arabidopsis_thaliana mirnest MIR854 0.00003 100 -40.9 ...(((((((.(((..........(((((((((((..(((((((((....((....((....))..))..)))))))))..))))))))))))))...))))))).......... (-40.9)