mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACG AGATATTAGTGCGGTTCAATC TCAAGCGAGATATTAGTGCGGTTCAATCAAATAGTCTCACTCTTAGTTGATAGAGATTGATTTTGTTCGATTGAGCCGTGCCAATATCACGCATA GGCAAATAGCCACCTTCTTTTCTCTCCTCTGATTCTTCTACTTAGTTCTTTTATTTTGGACGTTGCTAAAAATAAGAGTTCTGCGCGGATCCGATGATCTTCACTGGTAAAGTAACATTTTTAGTGCCGAGATCATTTTATATGTTTATTTGATCTATTAGTTCATGATATTACTTTTATTTTTGGTTTCTCGGTTTTGTGGAGCTAACTAGCTAGTGATGAAAATCAGATGAGACGGGTTTTGTATTGTGATGTAAGCTGGTCAAGCGAGATATTAGTGCGGTTCAATCAAATAGTCTCACTCTTAGTTGATAGAGATTGATTTTGTTCGATTGAGCCGTGCCAATATCACGCATATAACCAAGATGGTTATTAACCTAAAAAGTATATTGTCAATCATGTTAAAGGTATTTTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGTC 2 0 3' arm Brassica_rapa mirnest MIR171_1 6.0E-15 bra-MIR171b 5.0E-49 -37.4 ....(((.((((((.(((((((((((((.(((((..(((.((((........)))).)))..))))).))))))))))))).)))))).)))... (-37.4)