mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAGGAGGCATTCAAAGGGCT CCCCTTCTTATTCCTCCTCTGAA TCGGCCCCTTCTTATTCCTCCTCTGAAAAACCCCAGTTCCGTTCTCTGTCCTCTCCTAAACCCTTGAACAAGAGTTTCGAAGCTTCTTGTTCGCTAAACGGTGATTCATCTGCCAAAAGACATGGCTTTAAGGGTCTAATTCCTTGTGCTATTGCTACTCCAAATTCGGTTTTGAGCGAGGAGGCATTCAAAGGGCTC TTTTTTTCTTCTTGTCTTTCTCTCTCCTGTTTCATTTTCTCTCTCTAGGAAGCATTTCTTCATATGGACTGTTAGCAACGGGGGAAGTCAATTTTCAGAGAGAGTCGTAGTAAGTTAGCTTCAATTTTTTTTGTGAAAACTGTGCCTATTGCTTAGCGAGGTACAAAATATATAAAAACAAAGAAATCAGGGCTTCTTGCCATAAATTTCACTGTGTTTTTTTTACTATTGCTTTCCTAATCTTTTACTTCTAATTTTGGCTCTAAAAGTTTTTATCTCGCCCATTAAAACCACCCCCTGTTATTGAGCTCTCGAGCAAGCTCCATGGCCTCCATTATTGGTGTTTCCTCTCTCTACCAGACTCTCTCTCTAGAACTCTCTAGAAGAGCTTCTTCTCAGTTACCCTCCCTTTCTTCGGCCCCTTCTTATTCCTCCTCTGAAAAACCCCAGTTCCGTTCTCTGTCCTCTCCTAAACCCTTGAACAAGAGTTTCGAAGCTTCTTGTTCGCTAAACGGTGATTCATCTGCCAAAAGACATGGCTTTAAGGGTCTAATTCCTTGTGCTATTGCTACTCCAAATTCGGTTTTGAGCGAGGAGGCATTCAAAGGGCTCGG 4 2 3' arm Amborella_trichopoda mirnest 100 100 -44.5 ..(((((.((...((.(((((((.(.((((((...((((.(((...............)))....))))..((((((.(((((....((.(((((....)))))..))(((......))).(((((..((((((......)))))).))))).)))..)).))))))))))))...)))))))).))..)).))))). (-44.5)