mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTGTGTCAATCCAGGGTAGA TATCCAGGGTAGACACTCAGA AGGGCAGACACTCAGAACCTGAGACTGTGTCAATCCAGGGTAGACACTCAGAACCTGAGACTGTGTCTATCCAGGGTAGACACTCAGAACCTGAGGCAGCATATGTCCT 5 0 5' arm Rattus_norvegicus mirbase 100 rno-mir-3561 3e-57 -45.2 ((((((....(((((...((((....(((((.((((.((((((((((((((...))))....)))))))))).)))).)))))))))...)))))........)))))) (-45.20)