mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCTGGTTGAAGGGGACCAA GGTTCCATTTTACCAGCTTTA GCTGGCTGTCCTGTGGCAATCAATGCATAGCTACAGCTGGTTGAAGGGGACCAAATCCATTGAAGAGGCGATTTGGTTCCATTTTACCAGCTTTAGCAAAGCATTGCCGCTGCTGGTT 3 0 5' arm Rattus_norvegicus mirbase mir-133 1e-28 rno-mir-133a 4e-44 -52.3 ((..((......((((((....((((...((((.(((((((.(((.((((((((((((.........).))))))))))).))).))))))).))))...)))))))))).))..)). (-52.30)