mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGGTTATCTAGCTTTAT ACAGCTAGATAACCAAAG AGCACTCCTCGGTGATCTTGAAGGAGTTTTTACTTTCGGTTATCTAGCTTTATGAAGACCAATACACTCATACAGCTAGATAACCAAAGATAACAACTCGCTTCCCTCACAAGGCTGT 1 1 5' arm Rattus_norvegicus mirbase mir-9 3e-17 rno-mir-3597-2 1e-62 -42.2 .(((..(((..((((....(((((((((.(((((((.((((((((((((.(((((............))))).)))))))))))))))).))).))))).))))..)))).))).))) (-42.20)