mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTGGTTATCTAGCTGTATG TAAAGCTAGATAACCGAAAGT GGAGGCCCGTTTCTCTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGCCACAGAGCCGTCATAAAGCTAGATAACCGAAAGTAGAAATGACTCTCA 1 1 5' arm Bos_taurus mirbase mir-9 4e-28 ppy-mir-9-3 4e-46 -41.1 .((((..(((((((((.(((((((((((((((.(((((..((......))..))))).))))))))))))))))).)))))))..)))). (-41.10)