mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCAAGATGCTGGCATAGCT CTATGCCAACATATTGCCATC TCCTGTAACTTGGAACTGGAGAGGAGGCAAGATGCTGGCATAGCTGTTGAACTGCGAACCTGCTATGCCAACATATTGCCATCTCTCTTGTCCG 4 0 5' arm Bos_taurus mirbase mir-31 2e-33 mmu-mir-31 1e-37 -42.9 ...........(((...((((((..(((((.(((.(((((((((.(((........)))..))))))))).))).)))))..))))))..))). (-42.90)