mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAAATGCTCAGACTCCTTGGT CATGGATGTTTGAGCATGTGCTA TGTGCATCGTGGTCAAATGCTCAGACTCCTTGGTGGCTGCTTATGCACCATGGATGTTTGAGCATGTGCTATGGTGTCTA 3 1 5' arm Bos_taurus mirbase mir-105 4e-34 ssc-mir-105-2 9e-38 -38.8 ...(((((((((.((.(((((((((((((.(((((.(.......)))))).))).)))))))))).)))))))))))... (-38.80)