mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAGTCAGAGAAGTTTGATGA GTTTAATTTCATTGATTTTTG AGAAACCTAAGCAGATCGAAATTACGCTTGGCAAGTCAGAGAAGTTTGATGAGCTAATGGCTGCAGCCAATGAAGAAAAGGAAGCAGCAGAAGCTCAGGTGCAGAGCTGAACACAGCTTTCTACTGTTATGGTTTCATGAATCTTTCTTCTCTCGTGATGCTTTATATTATTTGTTTAATTTCATTGATTTTTGGCTGAATTTTGAGTTGTTATGTTGGGAT GGACCTCGAAACAAAAAATTAGGGTTACAGATTCCTGAATCAGCATCCATGGAAGAGATTACAAAGGGAGTGAACAACATGAACTTGGCCGGTGATTCCCAGAAGAAGAACCGGATTCAAGTTTCCAACACCAAGAAACCATTGTTCTTCTACGTCAATCTCGCCAAGAGGTATATGCAAGAGCACAATGATGTCGAATTGTCTGCCCTTGGGATGGCCATTGCAACCGTTGTTACCATTGCTGAAATACTCAAGAACAATGGTTTTGCTGTTGAAAAGAAGATCATGACTTCAACTGTTGACATTAAGGATGGCTCAAGGGGACGTCCTGTGCAGAAACCTAAGCAGATCGAAATTACGCTTGGCAAGTCAGAGAAGTTTGATGAGCTAATGGCTGCAGCCAATGAAGAAAAGGAAGCAGCAGAAGCTCAGGTGCAGAGCTGAACACAGCTTTCTACTGTTATGGTTTCATGAATCTTTCTTCTCTCGTGATGCTTTATATTATTTGTTTAATTTCATTGATTTTTGGCTGAATTTTGAGTTGTTATGTTGGGATGGTTTGTTGTACCTGTTGAATCACTTTACATTACTATATGATGATATGAGATTAAAGATGGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 5' arm Brassica_rapa mirnest 100 100 -58.6 .....(((((((((.((((((((..(((....(((((((.((((((.((((((.(((((...(((....((((.((.(((((((...((((((((..((((.(((((((....))))))).)))).....)))))).))...))))))).))))))..)))....))))))))))).)))))).)))))))..)))..)))))))).))))....))))).. (-58.6)