mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTGAGACCCTTTAACCTGTG CAGGTGAGGTTCTTGGGAGCC TGCCGGCCTCTGCGTCCCTGAGACCCTTTAACCTGTGAGGACGTCCAGGGTCACAGGTGAGGTTCTTGGGAGCCTGGCGTCCGGCC 5 2 5' arm Bos_taurus mirbase lin-4 2e-27 rno-mir-125a 4e-37 -40.7 .(((((.(.(((.(..((..(((.((((..((((((((((....))....)))))))))))).)))..))..).))).).))))). (-40.70)