mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TATTGGTGCGGTTCAATCAGA ACATCAAATACGAGATATTGGTGCGGTTCAATCAGAAAACCGTACTCTTTTGTTTTAAAGATCGGTTTATTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGCGTTTAAAT CAGTTGATCGTCGATGAGCGCACTATCGGACATCAAATACGAGATATTGGTGCGGTTCAATCAGAAAACCGTACTCTTTTGTTTTAAAGATCGGTTTATTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGCGTTTAAATAGTTTAAAGATTCTATGTTAGTTGATGTGATCAATCAAGGCTCTGAAGTTAGGATAGTAACAAGAAAAAAGACAGAAAAAAAGAAGAAAATTCATATACATTCGTGAGAAGATACTACTATTAGCGATAATGAATTCATTACAAAAAACTGTAGCCCAATGTTATAAAGGGTAGTTTCTTCTCTCTTTTTTGTATAGATGATTTATGTCACTCACTCACTCATTAATGTAAAGATGTCTGACTGAATTGTTTATAATATTGTGTATATTCTGAACTTTTAATTAATTAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 0 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirnest MIR171_1 3e-51 ath-MIR171c 1e-52 -43.9 .....((((.((.(((((((((((((((((((((((((((((...(((((......))))).)))))).))))))))))))))))))))))).)).)))).... (-43.9)