mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAATAGATTGGACTATATAT ACATAGTCCAATCTAGTGAAC AGCTCTTAGGCAAATTTAATATACATAGTCCAATCTAGTGAACTACTTACCCAGATCAGCTTATTAGAGCTGGTGTACTAGTACTTCAATAGATTGGACTATATATATTGAATTTAACCAAGACA AGGAACGTAGCCAAAATGTTTATAGCTAAATGCATCTTCAATTTAAAATACATCTAAATTTCCTCAAAGAACTTTCTAAGACCGTTTCTCATTCTTTAGTCCCAGTCTCTAGTTTAGCTCTTAGGCAAATTTAATATACATAGTCCAATCTAGTGAACTACTTACCCAGATCAGCTTATTAGAGCTGGTGTACTAGTACTTCAATAGATTGGACTATATATATTGAATTTAACCAAGACATTTCTCCAAGAAAAGACTTAACACAAAACCAACGAGATTCTATAGGTTCCGGAACGCATGGAACATCTTTGGGGAGAGAAGTATGACGAAAGCCAGAATCTAACCGAATAACATCTTGACAATGTAACTGAAAGCATCTGACGACTCGCTATCTTCTGAGTCAAGCACTGCATTTGGGTTTGACATTGCTTCTGCTGAAGGAAGTGATTCTAGCAGTGCATCAGCTAAGTCGGTGATG 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirnest 100 ath-MIR860 2e-58 -45.4 ...((((.((.((((((((((((.(((((((((((((.((((.((((.......((((((((....)))))))).....)))).)))).))))))))))))).))))))))))))..)))))).. (-45.4)