mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAATAGATTGGACTATATAT ACATAGTCCAAATCTATTGAAC TCTCTTAGTCAAATTTTAATATACATAGTCCAAATCTATTGAACTACTTACCCCACATCAGCTTATTAGAGCTGGTGTACTAGTACTTCAATAGATTGGACTATATATATTGAATTTAACCAAGACA GGGTATTTTGGCAATTAAGTTTTGGAAACCTTCAAAAACGAAAAAAAGAAAACCAATTAATAATTAAATTTTATTCTTTTCTTATTTTTTAGAGGGAAGGTAGCCCTATGGTTTATTGGTTAAATGGATTTTTAATTTAAAATTACTTTTAATTTTCTTCAAGAAATTTTTTAATACGGTTTTTCATTTTTTTATTTCCCAATTTCTAGTTTTATCTCTTAGTCAAATTTTAATATACATAGTCCAAATCTATTGAACTACTTACCCCACATCAGCTTATTAGAGCTGGTGTACTAGTACTTCAATAGATTGGACTATATATATTGAATTTAACCAAGACATTTCTCCAAGAAAAGACTTAACACAAAA 1 1 3' arm Arabidopsis_thaliana mirnest 100 ath-MIR860 1e-53 -46.7 ..((((.((.((((((.((((((.(((((((((.(((((((((.((((......((((((((((....))))))))))...)))).)))))))))))))))))).)))))))))))).)).)))).. (-46.7)