mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGCTTTCTTCGGTCCACTC TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT TGGTGGAGGAAGAGAGCTTTCTTCGGTCCACTCATGGAGTAATATGTGAGATTTAATTGACTCTCGACTCATTCATCCAAATACCAAATGAAAGAATTTGTTCTCATATGGTAAATGAATGAATGATGCGAGGGACAAATTGAGTCTTCACTTCTCTATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTATTTTTATC CGGGGAGACATCTCTTCTTCTCTCATCTCTCTTTTCTTCTCTCTTTTCCTCACATAAACTCTCTTTTTTTACTATTAAATCCATATGGTACCTCAAATTAATCTATGGTCATCTAGGGTTATCTTGAAGATTAGAATTGATTCTAGCACGCACAGAGAGGAAGATCATTGCATCCAGAATCACAAACATGGCCTATCTTTTATCTTTTCTTTTTGATCTAAGTCACTGTTTTATGCTATATATAGTATAATCAAATTCTTTACATGTGCTTGTATGTATGCGTATATATAGTAACGGAATTGTTAATATGCTTATAGATGTTGAGTTGGTGGAGGAAGAGAGCTTTCTTCGGTCCACTCATGGAGTAATATGTGAGATTTAATTGACTCTCGACTCATTCATCCAAATACCAAATGAAAGAATTTGTTCTCATATGGTAAATGAATGAATGATGCGAGGGACAAATTGAGTCTTCACTTCTCTATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTATTTTTATCTTTCTCAGAGTACCACATTTTATATCTATATATATACAAGCATTGAATTCGTGTGTATAACTCAAGATCAAGTTCAACATTGATCGATATGAATATAAATAAGTTTGACATTGGACTCATATGAGTGTTTATAGTGTTGTTTTGCAGGATTCAGTTCAGCCATGGACCTCCTTGAACATCTTCGAGTCCAGTCTACGAAGATTTTTTTTTTATCTTTTTCTCTCTATCAAATAAGTGTCACTAACAATCTTTCAAGATAAGGTTTTACAAGTTCATAAAAAATGTATTTTTCTTTTCTTA 3 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirnest MIR159 1e-101 aly-MIR319b 8e-96 -76 .((((((((.((.(((((((((((((((((..(((((((......(((((((((((((..((((((..((((((((.((..(((((.((((.((......)).)))).)))))..)).))))))))..))))))...))))))))).))))..)))))))..))))))))))))))))).)).)))))))) (-76)