mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCCCTGGGCCTATCCTAGAA CTAGGTATGGTCCCAGGGATCC GAGTTTGGTTTTGTTTGGGTTTGTTCTAGGTATGGTCCCAGGGATCCCAGATCAAACCAGGCCCCTGGGCCTATCCTAGAACCAACCTAA 3 1 3' arm Bos_taurus mirbase mir-331 5e-40 cfa-mir-331 4e-46 -38.92 ..............(((((((.((((((((.((((.(((((((..(.............)..))))))).)))))))))))).))))))) (-38.92)