mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAGCATCAGTGATTTTGTTGA AACAATATCCTGGTGCTGAGT GCACGGGCCGTCCTCCCCAACAATATCCTGGTGCTGAGTGATGACACACGCAACTCCAGCATCAGTGATTTTGTTGAAGAGGGCAGCTGCCA 2 2 3' arm Bos_taurus mirbase mir-338 4e-28 ssc-mir-338 2e-39 -41.3 .....(((.((((((..((((((.(((((((((((((((..((.....))..))).))))))))).))).))))))..)))))).))).... (-41.30)