mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTGTCCTCCAGGAGCTCAC GCGCTCCTCGAGGCCAGAGCCC GGGGCAGCCGCTGTCCCTGTCCTCCAGGAGCTCACTTGGTCCGGCCGTGCGCTCCTCGAGGCCAGAGCCCGTGTCTGC 5 0 5' arm Bos_taurus mirbase mir-339 1e-37 ssc-mir-339 1e-18 -35.2 ...((((.(((.(.(.(((.((((.((((((.(((..((.....))))).)))))).)))).))).).).))).)))) (-35.20)