mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATCATGTTCGCAGTTTCACC TGAAGCTGCCAGCATGATCTA CGGCATCTGATGAAGCTGCCAGCATGATCTAATTAGCTTTCTTTATCCTTTGTTGTGTTTCATGACGATGGTTAAGAGATCAGTCTCGATTAGATCATGTTCGCAGTTTCACCCGTTGAC GGAACAGAAAAATCTCTCTTTCTCTTTCTTGATCTGCTACGGTGAAGTCTATGGTGCACCGGCATCTGATGAAGCTGCCAGCATGATCTAATTAGCTTTCTTTATCCTTTGTTGTGTTTCATGACGATGGTTAAGAGATCAGTCTCGATTAGATCATGTTCGCAGTTTCACCCGTTGACTGTCGCACCCTTCTATAAACCCTAAATTTTCTCTCTATCTTTTTTAGTTTGATTTTCAAGACACTTTGTTTCTCAATCTTCAGTCTGATTTTGTGAGCTTACTTCTCTTTCTGAGGCTATATATATTTCTTTTTCATAAGAATTTTCACTATATTGTTGTGTGTATGTGGATCTGAAGAATTTATGTTTTGTTAGGGTTATAGAGTTGCATGACTTTAGGAAACCCTAATTTGGTCTTTGACAAATTGAGTATATTTTTTTGGGTTATAAATGTGAAAATCTTCTTATGATGAAGCTAGGAAAGAGGAGCTTTGTTTTTTTTACAAAGATTATGGAATTTAGCAAATTGAGTTAATTATCTATAATTACGTTTTTGGGGATCTCAAGATAGACTTCCTAGTTCCTCTTTTTACCCCTATCTGA 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirnest MIR167_1 1e-62 ath-MIR167a 8e-64 -40.7 ..........(((((((((.((((((((((((((.(((.(((((..((.((((((((...)))))))).))...)))))..)))...)))))))))))))).)))))))))......... (-40.7)