mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATGCCCCTAAAAATCCTTAT GAGGGACTTTCAGGGGCAGCTGT AGAGTGCTCGAGGACAGCAAGAAAAATGAGGGACTTTCAGGGGCAGCTGTGTTTTCTGACTCAGTCATAATGCCCCTAAAAATCCTTATTGTTCTTGCAGTGTGCATCAGG 5 1 3' arm Bos_taurus mirbase mir-365 4e-41 mml-mir-365-2 1e-53 -41.1 .((.(((.((......(((((((.((((((((..(((.(((((((((((.(((....))).)))).....))))))))))..)))))))).)))))))..)).)))))... (-41.10)