mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTGCAATATTGCTTATAGGGT CCTATCGATATTGTCTCTGC CTGTTTATTACCAGATCCTAGAACCCTATCGATATTGTCTCTGCTGTGTAAATAGCTCTGAGTAGTGCAATATTGCTTATAGGGTTTTGGTGTTTGGGAAGAACAATGGGCATG 4 3 3' arm Bos_taurus mirbase mir-454 5e-53 mml-mir-454 6e-52 -42.4 .(((((....(((((..((((((((((((((((((((((((.(((((....)))))...)))....)))))))))...))))))))))))..)))))...)))))......... (-42.40)