mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACAGAATAATTCCGTCGGAA TTGATGAGAGACCAATTGTTCT TTTGCCATATGAACAGAATAATTCCGTCGGAAGGTAGAAGAAATTGAATTGCATTCTTCCGTGTTTTGATGAGAGACCAATTGTTCTTACAAACC CCAAACATGTAAATTGATTGATGAAGTTACCTTGACGTTGCTTTGAGGGAGCTTAGTACTTCAGAGTTCGACAATTGACTTGAACATTAAAAGCCTAATGTTAATGAATAGAGGTTCGAAAAATCGGTATGTAATTGTTGCTCATTAGTAGCCCATTCTTCATTTGCCTAACGAGCTTCATAGAAGATTGCGATCATTCTAATAAGCGCGGAATTCGGATTCGAGAGGGTTTGTTTGCCATATGAACAGAATAATTCCGTCGGAAGGTAGAAGAAATTGAATTGCATTCTTCCGTGTTTTGATGAGAGACCAATTGTTCTTACAAACCCTAAATCTGATTAAACGCATCCGAGACACAGGCGCCTGATTGCTCGCTCGCGCCCTCTATCATCGCATCGCTGCTCTGTTTCACGCCTCATCTTTCTCCTACGTTGAACAATGTAACATCTATGCCTTTCTACTTCGATTCGTTTAAGGCTGTGATCGGTGATTTTCCCTCGTGC 5 1 5' arm Cichorium_intybus mirnest 100 100 -16.7 ..........((((((.....(((((((((((.((.((((((..((.....)))))))).)).)))))))).))).....))))))......... (-16.7)