mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCGACCTCGGGGTCTAGT TCAGCCAGGGGGTCGAGTGGT GAAATTGTGAAGTCCCCTACTCAGCCAGGGGGTCGAGTGGTCTGTTGAGGTCTTGAAGCTTCTACTCGACCTCGGGGTCTAGTGGTTTGACATGATCAGG GTGATATGCTGGAGTCTTCTATTCTTCCTTGTGCTCGAGTGTCTAGTTGAGTGCAGAAATGAAGAAGACTCTGAAGCTCGCCATAGAGTATGTAGTCGAGTGGTGGGCGCGGGATCACTCGACCCCCAGGTCGAGTGATGTGATCGAGTGACTGGTCAGGTTGTGGAGGTGAATACACTCGGCCAGGTGGTCGAGTGAGGTGATCAAGTATCTCTCGTGGTGGTACTCGGCCAGGGGGTCGAGTGATGAGATGAAATTGTGAAGTCCCCTACTCAGCCAGGGGGTCGAGTGGTCTGTTGAGGTCTTGAAGCTTCTACTCGACCTCGGGGTCTAGTGGTTTGACATGATCAGGTCCGCTTCTTCCAGTTAGCTCGTCAACAGCTCCAAATCACCTGAAATCAACACAAATATGCAACATGCATGCAAACCTATCCTAAACATGCAAAGTGATGACAAATGATGAGAAATGGTATTATACAGTGATGATATGGTGCTTAAGTGATGACAAATGGATGCTCAAAACATGCAAAATACACACTTATTAACTCCCTAATAATATGTTTTTAGTCAATTATCCTTAAACACCAATCATGTCTTTGTAGTATTTTAGGTGTCAATCCAAATGGGTGTGATGCAAACAGATGAGATGTGATCAGAAGTCACTAAGTCAAGCCAAGCAATAACAGTATTGGGGTTTCTTACAGTCCTAAGTGAACATGCAGAAAACAGAAACAATAATAGAATTACTAAAATCACCCGACCACAACAGGCTGATGCAAGAAGTAGGATGTGGTCGAGTAAGAGGCAGGATATGAAACAAATATACTCGATTGCACAGTCTATTGCCAGACACTGGGTCTGGTCGAGTATACATGTCGAGTAACAGACAGGAAATGAGACAGCTGTACTCGATTGCACAGTCTGTTGCCAGACACTGGGTGTGGTC 4 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirnest MIR854 0.00002 100 -31.5 ...........(((..(((((..(((..((((((((((((...(((..........)))..))))))))))))..)))..)))))...)))......... (-31.5)