mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCGTGACATGATGATCCCCGA AGTTATCAATCTGTCACAAGTGC CCCAGACCTTTCAGTTATCAATCTGTCACAAGTGCACAGTGGTATCTCGTGACATGATGATCCCCGAGATGTCTGAGG 5 2 3' arm Bos_taurus mirbase mir-542 6e-33 eca-mir-542 5e-39 -27.3 (((((((.((((.(..((((.((((((((.(((((......))).)).)))))).))))))..).)))).))))).)) (-27.30)