mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACTAGATTGTGAGCTCCTGGA AAGGAGCTCACACTCTATTGAG GGTCCTTGCCCTCAAGGAGCTCACACTCTATTGAGTTGCCTTTCTGTCTTCCCCACTAGATTGTGAGCTCCTGGAGGGCAGGCACT 3 0 3' arm Sus_scrofa mirbase mir-28 3e-35 ssc-mir-28 1e-43 -43.85 (((.(((((((((.(((((((((((.((((.((....................)).)))).))))))))))).))))))))).))) (-43.85)