mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACCCGTAGATCCGATCTTGTG CAAGCTCGCTTCTATGGGTCTG CCATTGGCATAAACCCGTAGATCCGATCTTGTGGTGAAGTGGACCGCACAAGCTCGCTTCTATGGGTCTGTGTCAGTGTG 4 0 5' arm Sus_scrofa mirbase mir-10 3e-25 lla-mir-99a 4e-40 -39.6 .((((((((((.(((((((((..(((.((((((.((........)))))))).)))..))))))))).)))))))))).. (-39.60)