mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTGGTAAAATGGAACCAAAT TTGGTCCCCTTCAACCAGCTGT CGGGACCCAAATGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCAACTGTTGAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTGCGCATTGACAGCGCCG 4 0 5' arm Sus_scrofa mirbase mir-133 3e-35 ssc-mir-133a-1 9e-54 -38 ((((.....(((((...((((.(((((((..((.((.((((((((............)))))))).)).))..))))))).))))...))))).....).))) (-38.00)