mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCATGCGATCTCTTTGGAAG TCCAAAGGGACCGCATTGATCC ATGTTGCAGCAGGTGGAAGCTTCCAAAGGGACCGCATTGATCCAGTTTATTAATCGATTCGAGTTTGATTCATTCATCTATCATATCCATGGAAGCAGCTGCAAATTTTTTTATCCAAGCTGATAATTTGGATCATGCGATCTCTTTGGAAGTTTCCGTCCGTGGCCCTC CGGGGATCTATTAGGCAAATCGCTAGATTTGATTATGTTGCAGCAGGTGGAAGCTTCCAAAGGGACCGCATTGATCCAGTTTATTAATCGATTCGAGTTTGATTCATTCATCTATCATATCCATGGAAGCAGCTGCAAATTTTTTTATCCAAGCTGATAATTTGGATCATGCGATCTCTTTGGAAGTTTCCGTCCGTGGCCCTCCATGTTTGCATTCATCCGTCTATCGCTTCCATTTGATTCGAAGATCGCGGAATATATCCAGGGGGAACAACTTTTGAAGCTACAGATATAACTCCTCATCATGATTAATAGAATTGAATTACTTGATTACATCATCCCCAAATCTGCCAAATTGATTTTCGGTCTCTGAATTGGGTGAATTGTGTTTTCGATCATTTAAGATTGTTTGGGGTCTTAAAACAGTTTTTCTATTTAGATAGTTGATTAGGAAACTTATTCAAACCATTTTCGCGTACTAGGAATTAGGAGAGAAGCTTATTTTCTTCTCCTGTATGTATTGATATTTTTTTTATGTTTTTAGGGGAGAAGAATTTTATTCAAGAATATCTTAACTGGA 1 1 3' arm Cichorium_intybus mirnest 100 sbi-MIR393 0.0001 -54.6 ........((.((((((((((((((((((((.(((((.(((((((.(((((.((.(((..((...(((.....)))....))..))).)).))..(((((.................))))).))).)))))))))))).)))))))))))))))))).))...)).... (-54.6)