mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATATGCCCATA GCCCATATATCCCGCTTGGTAGACATACTTCTTTATATGCCCATATGAACAAGAGCAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATCCCAGGTGAGAGAAAAACGGGGC 3 1 3' arm Danio_rerio mirbase mir-1 2e-27 tgu-mir-1-1 2e-17 -43.12 ((((.....((.(((((((...((((((((((((((((..(((((((........))..))))).))))))))))))))))...))))))).))........)))) (-43.12)