mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCAGCACGTAAATATTGGAG CCAGTATTGACCGTGCTGCTGGA CCTGAACTTGGCCGTGTGACAGACTGGCTGCCTGGCTGTAGCAGCACGTAAATATTGGAGTCAAAGCACTTGCGAATCCTCCAGTATTGACCGTGCTGCTGGAGTTAGGCGGGCCGTTTACCGTCTGCGGGGGCCTCGGG 2 1 5' arm Danio_rerio mirbase mir-16 3e-39 fru-mir-16 0.00000000003 -74.1 (((((....((((.(.((.((((((((((((((((((.((((((((((..((((((((((.....((....)).....))))))))))...)))))))))).)))))))).)))))......))))))).)))))))))) (-74.10)