mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCACAGTGGCTAAGTTCCGCT CAGGACTTAGCTCACTCTGTGAACA TCTGGATATGATGTCTGCTGAAGTTTCGTGAGGTGCAGGACTTAGCTCACTCTGTGAACAGATCTCGGATATCCTATGTTCACAGTGGCTAAGTTCCGCTCCTCTGAGGCCCACACTCGAAATCAGCCAGG 3 3 3' arm Danio_rerio mirbase mir-27 2e-40 mdo-mir-27a 0.0000001 -53.5 .((((...((((.((...((..((((((.((((.((.((((((((((....(((((((((......((....))..))))))))).)))))))))).)).))))))))))...))...)).)))).)))). (-53.50)