mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCACCATTTGAAATCAGTGT CTGGTTTCAAGTGGTGTTTTAGA TCTCCTCCTGGAAGCTGGTTTCAAGTGGTGTTTTAGAGTGCTGATCAAATGAATCTAGCACCATTTGAAATCAGTGTTCTTGGGGTGAGA 1 2 3' arm Danio_rerio mirbase mir-29 4e-34 fru-mir-29b-2 0.000000000005 -41.7 ((((((((.((((((((((((((((((((((..((((...(.........)..)))))))))))))))))))))).)))).)))).)))) (-41.70)