mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAAGATGTTGGCATAGCTG TGCTATGCCTCCATATTGCCAT GAAGAGATGGCAAGATGTTGGCATAGCTGTTAATGTTTATGGGCCTGCTATGCCTCCATATTGCCATTTCTG 4 0 5' arm Danio_rerio mirbase mir-31 3e-34 bfl-mir-31 0.0000002 -34.1 ..(((((((((((.(((..((((((((.((..((....))..))..))))))))..))).))))))))))). (-34.10)