mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGCACTAGCACATTTTTGCT CAATTATGTGTAGTGCCAATAT GCTGGGCGCTCTTCTTTGCCTGTTTTGGCACTAGCACATTTTTGCTTTTTTATATATACCTTGAGCAATTATGTGTAGTGCCAATATGGGACAAGACAGACATGCTACTTAAAAAAAAAATCAGC 3 1 5' arm Danio_rerio mirbase mir-96 5e-16 fru-mir-96 0.0000000000004 -41.42 ((((((((.(((((((..(((((.(((((((((.(((((..((((((...............))))))..)))))))))))))).)))))..)))).)))..))))...............)))) (-41.42)