mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTGAGACCCTAACTTGTGA CACGGGTTAGGTTCTTGGGAGC TTCTGTTGCAGGTTGGCGGTTGGTCTGCAAATGTGCCTCTCACAATCCCTGAGACCCTAACTTGTGACGTTTTCCTGTTATGTGCACGGGTTAGGTTCTTGGGAGCTGAGAGGGGTGCTCTGTCATCAGCCCGCCGGCGTCGGAA 1 2 5' arm Danio_rerio mirbase lin-4 3e-33 tni-mir-125b 9e-24 -66.3 .((((....(.(((((((((((((..(((...(..((((((.((.((((.((((.(((((((((((((((.........)))).))))))))))).))))))))..)).))))))..)..))).))))).)))))))).))))). (-66.30)