mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACAGTGAACCGGTCTCTTTT AGGGGGCCGTTTCTACTGTCAGAGA TCTGCTCATGGGTCTGTCAGTAGTAGGACAGGGGGCCGTTTCTACTGTCAGAGATGCTGCCACTCGTCTCACAGTGAACCGGTCTCTTTTCCTGCTATTCACTTCTGCAATAATATGAGCAGA 2 3 3' arm Danio_rerio mirbase mir-128 1e-41 gga-mir-128-2 0.0000000001 -57.1 ((((((((((.((..((.((((((((((.(((((((((.(((.(((((..((((((........)))))))))))))).))))))))).)))))))))).))....)).....)))))))))) (-57.10)