mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGTCCCCTTCAACCAGCTG GCTGGTAAAATGGAACCAAATC CATCAAACCACAATGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCACCTCTTCAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTATGCTTTGATG 5 0 3' arm Danio_rerio mirbase mir-133 7e-30 gga-mir-133a-1 7e-42 -34.81 (((((((.......((...((((.(((((((..((.((.((((((((............)))))))).)).))..))))))).))))...))))))))) (-34.81)