mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGTCCCCTTCAACCAGCTG GCTGGTAAAATGGAACCAAATC AATGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCAACTGTTTTATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTGTGCATT 5 0 3' arm Danio_rerio mirbase mir-133 4e-34 gga-mir-133a-2 9e-38 -34 (((((...((((.(((((((..((.((.((((((((............)))))))).)).))..))))))).))))...))))) (-34.00)