mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCAG GGATGCAGCGGTTCATCGATC TAGAGGGACACTGGATGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCCTAGGCCTGATGATGAATGAGTTATAGAATCTTAAGGAAAAAAAATCGAAGGTAGGAGATAGAGAGAGAAGAGAGAGGCAAAAGGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGTTCACCC GATATTTCTCGATTTCTCATCTCGCGACAAAGTAAGCTTTAGCCGATTGCATTTGTACGTACATAACAGTCATAACTATCATCTATAAAAGGATCTGAGTATGCTAAGGTCGATAGGTAGAACATTTAGTTTTTTTTTTTTGTGTGTACGCTTTGATTATCTTGGTAAGGTAATATGGTGATTGATAATCTTCTGTCGGATTTGAAAGTTTCCTCATCGATTACGCGGTTATGTGTTTGGTAGAGGGACACTGGATGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCCTAGGCCTGATGATGAATGAGTTATAGAATCTTAAGGAAAAAAAATCGAAGGTAGGAGATAGAGAGAGAAGAGAGAGGCAAAAGGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGTTCACCCCCAATCCAGTTCCGTTTCTGTTTGGTGTGTGTTACTGTGTCAGTGTTTGTGCATTTTTGATTCATAATTATTGTGTATGGAGTATTTGCAGTGAGATTTGCTGTTCCAGAGATATTCTCTCTCTCCACACTAATGATTTCTATAGAAGTTATGTTGTTATCGATGCAGGTAGTGATGCAGTTTCTACTTTCGGTCTTGCATACATTAATCAATCAACACTGTGTACTTGACAACAAAAAAAAAAAAAAAAGGCGCCTCGG 2 0 3' arm Cichorium_intybus mirnest MIR162_2 2.0E-9 vvi-MIR162 6.0E-13 -49.2 .....((((.((((((((((.((((.(((((((.(((((....((((.............((((....(((((..................))))).)))).............))))....))))).))))))).)))).)))))))))).)))).... (-49.2)