mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGCTTTTTATTCCTATGTGA ATGTAGGGATACAAGCCACTAAA ACAGCTGTCGTGTCTTATGGCTTTTTATTCCTATGTGAAGGTGAACAAGGCTCATGTAGGGATACAAGCCACTAAACACGCAGTCAGAAATCAGCTTT 1 2 5' arm Danio_rerio mirbase mir-135 3e-44 mdo-mir-135a 0.0000000003 -33.4 ...((((.(((((.(((((((((..(((((((((((((.(.(......).)))))))))))))).)))))).)))))))))))).............. (-33.40)