mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGCTTTTTATTCCTATCTG TATAGGGATGGAAGCCATGCA CTCTTTGCCCCGTATGGCTTTTTATTCCTATCTGAGAATTGCTCAGGACTCATATAGGGATGGAAGCCATGCAGGGCTGGGG 1 1 5' arm Danio_rerio mirbase mir-135 4e-40 fru-mir-135b 0.000001 -40.6 ((((..((((.(((((((((((.((((((((.((((..((....))..)))).))))))))))))))))))).)))).)))) (-40.60)