mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGCTTTCTATTCCTATGTG TGTAGGGTTCAAAGCCATTAG TGCAGTCTAAAGCAACTCAAAACACTACTGTGCTTTATGGCTTTCTATTCCTATGTGATTTTGATATGATGTATCATGTAGGGTTCAAAGCCATTAGGTACAGAGTGGCTTATCAGCAGTGGATGTA 4 1 5' arm Danio_rerio mirbase mir-135 7e-46 dre-mir-135c-1 0.000000000000007 -44.55 ((((.((((..((.........((((.((((((((.((((((((....(((((((((((.............)))))))))))...)))))))).))))))))))))........))..)))))))) (-44.55)