mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTACAGTGCATGTGTCT AGGCAGCGCTGTTGGAAT CTGTATTCTACAGTGCATGTGTCTCCAGTGTTTCTATGGCGACTGGGGAGGCAGCGCTGTTGGAATAAC 1 2 5' arm Danio_rerio mirbase mir-139 2e-32 mdo-mir-139 0.00000000001 -34.7 ...(((((((((((((.(((.(((((((((((.....))).)))))))).))))))))).))))))).. (-34.70)