mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTAGTGTTTCCTACTTTATGGA CATAAAGTAGAAAGCACTACTAA CGTACAGTGCAGTCATCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAAACCCCTCGCCACAGTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTGTACTGTTG 2 0 3' arm Danio_rerio mirbase mir-142 1e-37 dre-mir-142a 1e-46 -47.37 ...((((((((.(((((((((((((((.(((((((((..................))))))))).))))))))))))))).)))))))).. (-47.37)