mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCATAGTCACAAAAGTGATC CATTTTTGTGATGTTGCAGCT GGTTGCCAGTGTCATTTTTGTGATGTTGCAGCTAGTTATATGAGCCCAGTTGCATAGTCACAAAAGTGATCATTGGAAACT 3 0 3' arm Danio_rerio mirbase mir-153 1e-34 gga-mir-153 2e-38 -36.9 ((((.(((((((((((((((((((..(((((((.(((.....)))..)))))))..))))))))))))).)))))).)))) (-36.90)