mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCATAGTCACAAAAATGAGC CATTTTTGTGGTTTGCAGCT GAGCGATGGAGCGCGGTAGCGAGGTATTGCACAGCTGTCTGTGTCATTTTTGTGGTTTGCAGCTAGTAGTCTGGTTCCAGTTGCATAGTCACAAAAATGAGCACAGACAGATGTGACTGCAGCAACGCTGATGAAACGCTCCATCGCC 3 1 3' arm Danio_rerio mirbase mir-153 3e-42 fru-mir-153b 6e-25 -73.3 ..(((((((((((((.(((((..((...(((((.((((((((((((((((((((..((((((((.(..........).))))))).)..))))))))))).))))))))).)))).)....))..))))).))...))))))))))). (-73.30)